Après la mort de Fela en 1997, il devient le leader du groupe, répondant ainsi aux souhaits de son père. Pendant son adolescence, il partage son temps entre le groupe et l'école, et s'intéresse au football ; à 18 ans, il commence à se consacrer à la musique à plein temps. Au début, ses spectacles sont un mélange de chansons de son père (également inédites) et de ses propres chansons. Au fil du temps, il commence à ajouter sa propre touche à la musique, se plongeant dans diverses traditions africaines pour refléter les luttes et les cultures du continent. Son premier disque, Seun Kuti & Fela's Egypt 80, a été publié pour la première fois chez WM Recordings en 2008. Bien que de nombreuses personnes hors d'Afrique lui aient reproché d'utiliser le nom d'Egypt 80, les critiques ont apprécié son dynamisme musical et sa ferveur d'improvisation. La même année, M. Bongo a également sorti son set Many Things. Ces dernières années, Seun a fait le tour du monde, jouant devant des publics enthousiastes à Détroit, New York, Los Angeles, Chicago, Philadelphie, Paris, Londres, Tokyo et surtout Lagos. En 2011, il a publié From Africa with Fury : Rise sur Knitting Factory Records. Le disque a été coproduit avec Brian Eno et John Reynolds. Il s'est avéré être sa percée, entrant dans les classements internationaux Billboard et numériques.

Seun Kuti & Egypt 80 ont continué à faire des tournées mondiales non-stop, jouant souvent des spectacles de plusieurs heures, basés autant sur l'improvisation de groupe que sur la composition. La musique n'a jamais dévié de son aspect ouvertement politique. Au fil des ans, Seun Kuti a continué à affirmer que "Fela sera toujours le numéro un", malgré le fait qu'il changeait et transformait l'afrobeat avec sa propre signature musicale en constante évolution. "En tant que fils de l'icône afrobeat Fela Kuti, Seun Kuti porte le flambeau des grooves infectieux et de l'écriture de chansons politiques." - NPR

Le 9 décembre 2022, il a sorti son nouvel EP intitulé Rêves africains. L'EP, auquel participe le leader de Roots et MC extraordinaire Black Thought. Il se compose de trois remixes de titres de Black Times, l'album de Seun Kuti & Egypt 80 nommé aux Grammy Awards 2018. L'ep a atteint le top20 du classement des radios indépendantes américaines (NACC), le top3 du classement hip hop et le top5 du classement mondial. En 2023, Janelle Monae a sorti son nouveau single 'Float' avec une collaboration avec Seun Kuti & the Egypt80.