Tras la muerte de Fela en 1997, se convirtió en el líder de la banda, cumpliendo los deseos de su padre. Durante su adolescencia, dividió su tiempo entre la banda y la escuela, y se interesó por el fútbol; a los 18 años, empezó a dedicarse a la música a tiempo completo. Al principio, sus espectáculos son una mezcla de canciones de su padre (también inéditas) y suyas propias. Con el tiempo, empezó a añadir su propio toque a la música, profundizando en diversas tradiciones africanas para reflejar las luchas y culturas del continente. Su disco de debut, Seun Kuti & Fela's Egypt 80, fue publicado por primera vez por Grabaciones WM en 2008. Aunque muchos fuera de África le criticaron por utilizar el nombre de Egipto 80, los críticos apreciaron su empuje musical y su fervor improvisador. Ese mismo año, el Sr. Bongo también publicó su álbum Many Things. En los últimos años, Seun ha realizado giras por todo el mundo, tocando ante públicos entusiastas en Detroit, Nueva York, Los Ángeles, Chicago, Filadelfia, París, Londres, Tokio y, sobre todo, Lagos. En 2011 publicó From Africa with Fury: Rise en Knitting Factory Records. El disco fue coproducido con Brian Eno y John Reynolds. Resultó ser su gran éxito, entrando en las listas internacionales de Billboard y digitales.

Seun Kuti y Egipto 80 han seguido girando por todo el mundo sin parar, tocando a menudo espectáculos de varias horas, basados tanto en la improvisación en grupo como en la composición. La música nunca se apartó del aspecto abiertamente político. A lo largo de los años, Seun Kuti ha seguido afirmando que "Fela siempre será el número uno", a pesar de que estaba cambiando y transformando el afrobeat con su propia firma musical en constante evolución. "Como hijo del icono del afrobeat Fela Kuti, Seun Kuti lleva la antorcha de los ritmos contagiosos y la composición de canciones políticas". - NPR

El 9 de diciembre de 2022, publicó su nuevo EP titulado Sueños africanos. El EP, en el que participa el líder de Roots y extraordinario MC Black Thought. Consta de tres remezclas de temas de Black Times, el álbum de Seun Kuti & Egypt 80 nominado a los Grammy 2018. El ep alcanzó el top20 en la lista de radios independientes de Estados Unidos (NACC), el top3 en la lista de hip hop y el top5 en la lista mundial. En 2023, Janelle Monae lanzó su nuevo sencillo 'Float', que cuenta con la colaboración de Seun Kuti & the Egypt80.